随着检察机关提起公益诉讼试点工作的推进，胜诉后的环境修复资金等款项如何管理使用，如何有效地用于环境的修复治理，成为当下亟待解决的问题。
目前，现行法律法规及司法解释对公益诉讼赔偿款项的使用管理还不十分明确。《最高人民法院关于审理环境民事公益诉讼案件适用法律若干问题的解释》第24条仅规定了环境公益诉讼案件赔偿款项的用途，即法院判决被告承担的生态环境修复费用、生态环境受到损害至恢复原状期间服务功能损失等款项，应当用于修复被损害的生态环境。其他环境民事公益诉讼中败诉原告承担的调查取证、专家咨询、检验、鉴定等必要费用，可以酌情从上述款项中支付。但对公益诉讼案件赔偿款项归属、如何使用、谁来监督、谁来评估等一系列问题都没有细致规定。《人民检察院提起公益诉讼试点工作实施办法》《人民法院审理人民检察院提起公益诉讼案件试点工作实施办法》对民事公益诉讼案件赔偿款项的使用管理也没有规定。
因此，各地对环境公益诉讼赔偿款的使用管理存在不同做法。如昆明市环保局开设环境公益诉讼救济专项资金专门账户，对救济资金统一核算和管理。无锡市设立了财政专户，专门用于环境修复。同时，针对检察机关提起的环境民事公益诉讼案件中的赔偿款项的管理也有不同做法。一是赔偿款项支付至环境公益基金专用账户。二是赔偿款项支付至财政局环保专用账户。三是赔偿款项支付至检察院指定的账户。可见，实践中环境公益诉讼赔偿款使用管理不统一的做法普遍存在，容易导致环境修复款成为新的寻租空间，衍生新的腐败。
为了更好地管理并使用环境修复资金，2014年7月3日，最高人民法院发布《关于全面加强环境资源审判工作为推进生态文明建设提供有力司法保障的意见》(下称《意见》)，提出了“探索设立环境公益诉讼专项基金”的主张。2015年12月3日，中共中央办公厅、国务院办公厅印发并实施《生态环境损害赔偿制度改革试点方案》，确定吉林、江苏、山东、湖南、重庆、贵州、云南七省（市）进行为期二年的试点工作，探索建立生态环境损害的修复和赔偿制度，资金管理制度即是其中重要内容。根据我国的具体情况，笔者建议，可设立环境公益诉讼基金管理中心，其职能主要包括环境公益诉讼原告诉讼费用申请的受理、申请是否符合基金支付条件的审查以及原告所申请的诉讼费用的支付等事务，同时，具体负责该基金的筹集、应用及支付等具体工作。该基金的来源包括财政拨款、社会捐助等多种途径，同时，该项基金要接受财政部门和环保部门、审计部门、检察机关的监督。具体来说，笔者对环境公益诉讼专项基金制度的设想包括以下内容：
一是环境公益诉讼专项基金的来源。环境公益诉讼基金应不仅限于环境公益诉讼的赔偿款项。政府的资金投入应是环境公益诉讼专项基金设立的有力支持和保障。在我国，排污者依照《排污费征收使用管理条例》缴纳了排污费，并列入财政环境保护专项资金，同时政府财政拨款建立和完善环境公益诉讼资金保障的举措，已在实践中取得了良好效果。社会捐助也可以纳入环境公益诉讼专项基金。
二是环境公益诉讼专项基金的适用范围。环境公益诉讼基金主要用于诉讼中涉及的被污染环境的修复治理以及补助环境公益诉讼费用、诉讼过程中因鉴定、公告、勘验、评估、拍卖等发生的依法应当由当事人负担的费用。若环境公益诉讼的被告败诉，则应由其负担诉讼费用以及鉴定费、勘验费等实际发生的费用。鉴于环境公益诉讼案件的特殊性，原告的律师费、调查费、差旅费等为诉讼所付出的合理费用由败诉方即被告承担。若此相关费用已由环境公益诉讼专项基金支付，则被告应将此费用补入专项基金内。
三是环境公益诉讼专项基金的运行程序。需设立专门机构管理环境公益诉讼专项基金，比如设立环境公益诉讼专项基金管理中心，开立专门账户，由财政部门负责。环境公益诉讼赔偿款项直接支付至环境公益诉讼专项基金账户。同时，制定专项基金运行规范。社会公益组织拟提起环境公益诉讼可向该管理中心申请立项，鉴定费、公告费、勘验费、诉讼费等在该项目下列支。环境公益诉讼赔偿款的使用应专款专用，用于诉讼中特定被污染环境的修复治理，由环保部门提出申请，将使用意见及各项依据资料报财政局环境公益诉讼专项基金管理中心审核同意后拨付。
四是环境公益诉讼专项基金的监督管理。环境公益诉讼专项基金制度要有效运作，必须建立比较完备的监督体系。环境公益诉讼基金管理中心的内部管理制度应包含申请制度、运行过程监督制度、财务制度等内容。由于专项基金的资金来源之一为国家财政拨款，且专项基金的运行也离不开环保行政部门和审计部门的参与，所以，环境公益诉讼专项基金应接受财政部门、环保部门、审计部门的监督。更为重要的是，检察机关也应履行法律监督职能，对整个基金的运作进行法律监督，如发现有利用公益诉讼获取非法利益、行政机关不依法履行职责、工作人员涉嫌贪污挪用等违法犯罪行为的，要及时移送有关机关或部门处理。当然，基金的来源、投资与支付都应该透明公开，定期公开基金使用情况及账目，确保公众享有知情权，使其能够参与到基金的监督管理中来。同时还应让有关社会组织或者被污染区域的群众有权查阅基金管理中心相关项目的使用情况，并提出监督意见。
