1983年5月，城区检察院成立，办公地点设在环城西路151号（原盐城市黄海仪表厂厂房），下设办公室、刑事检察科、经济检察科、法纪检察科，共有干警16人。1986年，办公地点迁至剧场路9号。1987年8月，区委明确检察长职级为副处级。1988年1月，成立派驻市税务局城区分局检察室，1996年7月撤销；7月，成立派驻市税务局直属分局检察室，1989年5月撤销。1988年8月，增设控告申诉检察科，成立经济罪案举报室（1991年2月与控告申诉检察科合并）。1990年，区检察院办公地点迁至人民中路55号。1991年2月，增设调查研究室。1992年1月，经济检察科分设一科、二科。1995年5月，刑事检察科分设一科、二科，同时设立民事行政检察科。1995年底，区检察院人员编制65人，实有干警61人。

　　1996年4月，调查研究室撤销，文秘、调研工作划归办公室承担。1996年5月，成立反贪污贿赂局(二级局，副科级)，同时撤销经济检察一科、二科。1998年1月，成立政工科，原刑事检察一科改为审查起诉科，原刑事检察二科改为审查批捕科。1999年1月，成立纪检组、监察室；同年3月，成立监所检察科和法警大队。同年12月，反贪污贿赂局内部增设贪污贿赂犯罪预防科。2000年4月，办公室内设检察技术室；同年6月，反贪局内设综合科。

　　2002年1月机构改革，撤销法警大队，划归办公室承担(警务科挂牌，对外称司法警察大队)，审查起诉科、审查批捕科、法纪检察科分别更名为公诉科、侦查监督科、渎职侵权检察科。人员编制从75人精减到68人，提前离岗11人。2004年3月，盐城市城区人民检察院更名为盐城市亭湖区人民检察院，人员编制68人，实有干警66人。2005年12月，渎职侵权检察科更名为反渎职侵权局。2008年5月，增设案件管理科、检察技术科和人民监督员办公室。2008年7月，区检察院办公地点临时迁至解放北路68号。2005～2009年，四次共增编23人。2010年9月，区检察院迁至现址希望大道59号，人员编制66人，实有干警65人。设有办公室、第一检察部、第二检察部、第三检察部、第四检察部、第五检察部、第六检察部、政治部等8个内设机构。